通关一周目后，玩家需要优先升级全国图鉴并集中资源培养1-2只核心精灵，如哈克龙、火焰鸟或水箭龟，这些精灵在属性与技能组合上能应对二周目更高强度的战斗。培养时需注重技能搭配，例如水系精灵可学习地面系技能以弥补短板，同时利用战斗获得的装备强化属性。二周目初期建议优先完成主线任务，如升级图鉴或获取船票，这些是解锁新区域的关键。
确保队伍中包含火、水、电等基础属性精灵，并搭配一只辅助型精灵提供治疗或增益效果。面对不同道馆或特殊挑战时，需根据对手属性灵活调整队伍，例如电系道馆可优先派出地面系精灵克制。适时使用道具如恢复药或属性增强剂能扭转战局，尤其是在联盟冠军战中。二周目的道馆首领和四天王等级显著提升，需提前通过野外战斗或训练师对战积累经验值。
隐藏要素与特殊挑战是二周目的特色内容。通关后通常可解锁神兽捕捉剧情，如超梦、三圣鸟等，需携带特定技能如冲浪或攀瀑才能到达其所在地。部分版本还会开放新岛屿或遗迹，例如火红版的七岛任务需通过解谜获取红蓝宝石。探索时注意与NPC对话，可能触发隐藏任务或获得稀有道具。特殊挑战如战斗塔或训练师塔则考验玩家的战术深度，建议在精灵等级达标后再尝试。
策略上需重视对手分析与精灵特性利用。二周目的训练师AI更高，会针对玩家弱点出招，因此战斗前需观察对手阵容，优先解决高威胁目标。精灵特性如威吓或加速可大幅影响战局，合理触发特性效果能占据优势。
