有三个相当隐秘的任务，一不小心就可能错过整个游戏流程。第一个就是冬日谜团，这个任务只在每年冬天的第一个星期触发，而且时间窗口很窄，只有早上6点到下午4点之间。你需要在这个时间段里，去巴士站找到一个四处徘徊、看起来有点可疑的家伙，跟他互动就能开启整个事件。你会发现地上有一串奇怪的脚印，跟着这串脚印一直走，它会把你带到社区中心左边的一片灌木丛那里。用鼠标右键点击灌木丛，一个叫科布罗斯的神秘暗影人就会现身。跟他对话后，你会得到一个非常关键的道具——放大镜。这个放大镜不用占背包格子，在你的个人信息界面就能查看。它可是后续玩法的核心，有了它，你才能在矿洞、森林这些地方的角落里，发现那些隐藏起来的秘密纸条。这些纸条总共有23张，每一张都像是一个小谜题，解开它们能得到不少好东西，也能让你更了解星露谷背后的故事。
第二个隐藏任务链和法师以及女巫沼泽有关，流程比较长。首先要做的事情是重建社区中心，完成这个之后，铁路区域那边才会触发后续的关键剧情。你会需要帮助法师去找回一个失落的黑暗护身符。这个任务会引导你进入下水道，要进入下水道，你得先获得一把生锈的钥匙，这把钥匙需要你给博物馆捐赠足足60件古物或者矿物才能换到。拿到钥匙进入下水道后，找到住在里面的科罗布斯对话，他会指引你进入一个叫突变虫穴的地方。在虫穴里找到护身符后，你得返回铁路区域，在东北角找到一个之前被石头堵住的洞穴入口，把护身符放进去。做完这一步，温泉东北方向那个一直挡着路的石头就会消失，后面就是通往巫婆沼泽的路了。进了沼泽还会遇到一个小哥布林守门，给他一个虚空蛋黄酱就能通过，进入女巫的小屋拿到墨水，再带回给法师，就能解锁一系列魔法建筑了。
第三个隐藏任务系列则是由一位神秘的齐先生发布的，入口也非常隐蔽。你需要先进入卡利科沙漠，然后从沙漠的巴士站一路往西走，进入一条隧道。在隧道里仔细找，会发现一个加密的箱子。要启动这个箱子，你得往里面放入一个电池组，这样一来，齐先生的一系列特别任务就正式开始了。这些任务都挺有挑战性的，比如他的饥饿挑战，要求你在7天之内，不能吃任何食物或喝任何东西，一路下到骷髅矿洞的第100层。因为不能靠食物回复体力，这个任务对资源规划和下矿技巧要求很高，很多玩家会提前用宝石复制机大量生产翡翠，然后去沙漠商人那里换成梯子，靠梯子快速下楼。又比如四颗宝石任务，要求你在28天里找到4个全新的五彩碎片放到他的收集箱里，通常大家会选择去骷髅矿洞深层炸矿来碰运气。
这些隐藏任务除了流程隐蔽，奖励也往往很独特，能解锁新的区域、功能或者稀有物品。就像冬日谜团任务给的放大镜，它本身就是一个永久性的收集工具，让你能发现游戏世界里散布的各处秘密。而完成法师的黑暗护身符任务，不仅能打开巫婆沼泽，还能解锁从女巫小屋直接传送到法师塔地下室的捷径，并且开启魔法建筑如黄金时钟等的购买权限。相比之下，齐先生的任务虽然难度大，但回报是齐钻，可以用来兑换很多无法通过其他方式获得的顶级物品，比如永久性增加移动速度的帽子，或者是能自动袭击怪子的特殊戒指，这些都是对后期游戏体验的巨大提升。
对于刚接触游戏的新手来说，要接触到这些隐藏任务，前期是需要一些积累的。比如下水道钥匙需要博物馆捐赠，这就鼓励你去多跑矿洞、多锄地找古物。冬日谜团任务固定发生在冬季，意味着你至少得安然度过前面的春夏秋三个季节。而齐先生的任务更是后期内容，往往需要玩家已经修复了巴士前往沙漠，并且有了一定的战斗和资源积累才能尝试。
