传说级宝可梦的捕捉地点是固定且需要特定条件才能抵达的，获取它们构成了游戏后期重要的收集要素。急冻鸟位于双子岛洞穴的最深处，玩家需要利用推石技巧将岩石推入洞中以阻挡湍急的水流才能到达其面前。闪电鸟栖身在无人发电厂的内部最深区域。火焰鸟则栖息在灯火山（也称火焰山）的顶峰。超梦作为游戏中最强大的宝可梦之一，需要玩家通关一周目后，在华蓝洞窟的最底层才能与之相遇。而幻之宝可梦梦幻的捕获则关联于一项特殊事件，它藏身于红莲岛上的一座特殊房屋内，进入该房屋需要先获得一把关键的钥匙。
除了上述宝可梦，游戏还包含了其他多种稀有传说与幻之宝可梦，它们的分布跨越了关都地区及新增的七之岛。凤王可以在1号岛山顶区域的草丛中被发现。洛奇亚的出现地点位于3号岛右侧的特定草丛中。另一只幻兽雪拉比则隐匿在3号岛左侧的森林内部。传说中的巨人宝可梦雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁也分别有各自的栖息地，它们可能出现在诸如1号岛附近、双子岛或无人发电厂周边等特定地点的草丛中，其隐蔽性较高。红水都（拉帝亚斯）的踪迹则出现在7号岛最下方的海域，需要通过冲浪或垂钓寻找。
游戏中还存在一批并非神兽但同样珍贵的稀有宝可梦，它们通常具有极低的遭遇概率或特殊的捕获方式。迷你龙及其进化型哈克龙可以在野生原野区（沙狐乐园）的水域中使用中级或高级钓竿钓得，最终能进化为强大的快龙。野生原野区的草丛中也有机会遇到吉利蛋（快乐）。墨海马及其进化链的宝可梦则需要在海路航线上使用钓竿才有机会获得。像卡比兽和乘龙（拉普拉斯）这类宝可梦，通常需要通过剧情事件或特殊地点赠送的方式获得，在野外极难遇到。
在进行稀有宝可梦捕捉前，充分的准备工作至关重要，这能有效提升捕获成功率并应对意外情况。由于多数稀有宝可梦遭遇机会有限，强烈建议在遭遇前手动保存游戏进度，以便捕捉失败后可以重新尝试。确保携带足够数量和不同种类的精灵球是基础，从精灵球、超级球到高级球乃至珍贵的大师球，都应根据目标宝可梦的捕捉难度合理选用。将宝可梦的体力削弱至红色区域并施加麻痹或睡眠等异常状态，可以显著提高捕获概率，因此队伍中最好有宝可梦能习得此类控制技能。
